यस आयोगमा राजापत्रांकित प्रथम श्रेणी प्रशासन सेवाको सचिवको मातहत कानून तथा महिला अधिकार प्रवर्द्दन महाशाखामा  कानून सेवाको रा.प. द्वितीय श्रेणीको एक जना उप-सचिव अन्तर्गत कानूनी सहायता तथा परामर्श शाखा र महिला अधिकार प्रवर्द्दन शाखा रहेका छन्। यसैगरी योजना प्रशासन तथा कार्यक्रम महाशाखामा राजपत्रांकित द्वितीय श्रेणी, प्रशासन सेवाको उप-सचिव अन्तर्गत  आन्तरिक प्रशासन शाखा, आर्थिक प्रशासन फांट, योजना, अनुगमन तथा प्रकाशन शाखा र कार्यक्रम संचालन तथा समन्य शाखाहरु रहेका छन्। 

वर्तमान कार्य संचालनका आधारमा यस आयोगको संगठनात्मक स्वरुप र कर्मचारीहरुको कार्यबिबरण निम्नानुसारको छ:-

सचिवको कार्य विवरणः

• आयोगको कर्मचारी प्रशासन सम्बन्धी काम गर्ने।
• आयोगको आर्थिक प्रशासन तथा नियन्त्रणको काम गर्ने।
• आयोगको वार्षिक कार्यक्रम तथा बजेट तयार री स्वीकृतिको लागि आयोग समक्ष पेश गर्ने।
• आयोगका तर्फबाट तयार गर्नुपर्ने प्रतिवेदनको प्रारम्भिक मस्यौदा तयार गरीअन्तिम रुप दिन आयोग समक्ष पेश गर्ने।
• आयोग समक्ष पेश हुन आएका निवेदन उपर धारण सहित आयोग वा सम्बन्धित सदस्य समक्ष पेश गर्ने।
• आयोगको काम कारबाहीमा सघाउ पुर्याउने।
• आयोगले सुम्पिएका काम गर्ने।
• आयोगको निर्णय तथा सिफारिस कार्यान्वयन गर्ने।
• आयोगबाट भएको निर्णय, आदेश प्रमाणित गर्ने।

संगठन तालिका अनुसार आयोगमा २ वटा महाशाखा छन् :- (१) कानून तथा महिला अधिकार प्रवर्द्दन महाशाखा (२) योजना, प्रशासन तथा कार्यक्रम महाशाखा। दुवै महाशाखाको आफ्नै कार्य विवरण रहेको छ।